1. Донгхонг Мин
2. Песня Сюэ
3. Хонг Ли
4. Вей Ян
5. Аннотация
6. ВСТУПЛЕНИЕ
7. ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ ДЕТАЛИ
8. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ
9. БЛАГОДАРНОСТЬ
10. РЕКОМЕНДАЦИИ

Nucleic Acids Res. Июнь 2007 г .; 35 (12): 4001–4006.

Донгхонг Мин

1Школа вычислительных наук, 2Институт молекулярной биофизики и 3D-факультета химии и биохимии, Университет штата Флорида, Таллахасси, Флорида, 32306

Песня Сюэ

1Школа вычислительных наук, 2Институт молекулярной биофизики и 3D-факультета химии и биохимии, Университет штата Флорида, Таллахасси, Флорида, 32306

Хонг Ли

1Школа вычислительных наук, 2Институт молекулярной биофизики и 3D-факультета химии и биохимии, Университет штата Флорида, Таллахасси, Флорида, 32306

Вей Ян

1Школа вычислительных наук, 2Институт молекулярной биофизики и 3D-факультета химии и биохимии, Университет штата Флорида, Таллахасси, Флорида, 32306

1Школа вычислительных наук, 2Институт молекулярной биофизики и 3D-факультета химии и биохимии, Университет штата Флорида, Таллахасси, Флорида, 32306

*Кому должна быть адресована корреспонденция. 1-850-645-6884, факс: 1-850-644-7244, ude.usf.bs@gnay

Получено 5 февраля 2007 г .; Пересмотрено 2007 апр 10; Принято 2007 1 мая.

Это статья открытого доступа, распространяемая в соответствии с условиями некоммерческой лицензии Creative Commons Attribution ( http://creativecommons.org/licenses/by-nc/2.0/uk/ ) который разрешает неограниченное некоммерческое использование, распространение и воспроизведение на любом носителе, при условии, что оригинальная работа должным образом процитирована. Эта статья была цитируется другие статьи в PMC.

Аннотация

С тех пор как была предложена конформация «in-line attack» в качестве возможно важного промежуточного звена в расщеплении РНК, его структура была зафиксирована в различных ферментах белка и РНК; Эти структуры усиливают уверенность в том, что эта конформация играет существенную роль в катализе расщепления РНК. Как обычно обсуждается, эта промежуточная структура может быть вовлечена в снижение энергетического барьера двумя возможными способами, например, посредством либо конформационного эффекта, либо электростатического эффекта. Чтобы количественно выяснить вклад конформационного эффекта в этот тип ферментативного катализа, моделирование свободной энергии было выполнено на структурах РНК как в сплайсинговом эндонуклеазном комплексе, так и в водном растворе. Наши результаты моделирования свободной энергии показали, что конформационный эффект «линейной атаки» играет скромную роль в содействии повышению скорости реакции (в 12 раз) по сравнению с общим увеличением скорости в 1012 раз. Тесное согласие между настоящей расчетной оценкой и экспериментальным измерением спонтанного расщепления РНК в in vitro эволюционирующем АТФ-аптамере побуждает нас осознать, что распределение конформации субстрата фермента до, а не после его связывания определяет верхнюю границу скорости повышение способности через конформационную стратегию.

ВСТУПЛЕНИЕ

Независимо от стратегии катализа в различных биомолекулярных процессах, многие реакции расщепления РНК подвергаются внутримолекулярному переносу фосфоэфира ( 1 ). Этот механизм включает нуклеофильную атаку 2'-кислорода на соседний фосфорный центр с последующим образованием пентаковалентного фосфатного интермедиата и последующим удалением 5'-оксианионной группы (B). Оба белковых фермента, типичные для рибонуклеазы А (РНКазы А) ( 2 ) и РНК-ферменты, представленные рибозимом-молотом ( 3-5 ), может облегчить эту реакцию расщепления РНК. Механизм того, как эти ферменты проявляют свои каталитические свойства, представляет большой интерес ( 1-6 ).

Иллюстрация конформации «in-line attack» в реакции расщепления РНК (B) и ее конформационного эффекта в ферментативном катализе (A).

Ферменты, расщепляющие РНК, могут вызывать увеличение скорости до 1012 раз по сравнению с некатализированной реакцией в водном растворе ( 2 ). Это большое ускорение скорости может быть связано с различными факторами, такими как конформационный эффект и эффект стабилизации электростатического переходного состояния ( 7 ). В последнее время конформационный эффект был призван понять каталитические стратегии в различных ферментах ( 8-11 ), например, в мутазе хоризмата, где один этот эффект может способствовать увеличению скорости до 103 раз ( 12 ). При связывании подложки в любой связанной химической стадии внутри связанной подложки обычно образуется плотная конформация, которая структурно близка к соответствующему переходному состоянию. В частности, в реакциях переноса внутримолекулярного фосфоэфира РНК такая плотная конформация называется конформацией «in-line attack» ( 13 , 14 ). Здесь атакующий атом O2 ′ расположен напротив уходящего атома O5 ′ и выровнен в направлении разорванной связи P – O5 ′ (B). Эта конформация «линейной атаки» наблюдалась в структурах рибозима головки молотка ( 6 ) и два РНК-расщепляющих фермента, связанных с их РНК-субстратами ( 15 , 16 ) (B). Эти структурные данные согласуются с предыдущим предположением, что конформация «in-line attack» может быть важна для расщепления РНК ( 14 ). В настоящей работе мы хотим количественно оценить, насколько конформационный эффект этой структуры «линейной атаки» способствует ускорению скорости в реакции расщепления РНК, катализируемой ферментами.

Конформация «линейной атаки» предварительно расщепленного субстрата РНК при сравнении сплайсинговой эндонуклеазы ( A ) при сравнении регулярной конформации РНК (вверху) и конформации «линейной атаки» (внизу) в терминах двугранного угла Φ (C3 ′ -O3'-Р-О5 '); ( B ) иллюстрация конформера 'in-line attack' субстрата РНК внутри кармана связывания фермента (серая поверхность).

Мы достигли этой цели, воспользовавшись нашей недавно определенной сокристаллической структурой сплайсинговой эндонуклеазы и ее РНК-субстрата ( 15 ). Сплайсинговая эндонуклеаза РНК ответственна за удаление промежуточных последовательностей в ядерной тРНК и всех архейных РНК ( 16 ). Он распознает небольшую структуру РНК, называемую мотив выпуклость-спираль-выпуклость (BHB). Мотив BHB состоит из двух трехнуклеотидных выпуклостей, разделенных четырьмя парами оснований. Эндонуклеаза образует гомодимер и расщепляет две фосфодиэфирные связи, расположенные после второго выпуклого нуклеотида в этих двух выпуклостях. В этой сокристаллической структуре подобная конформация субстрата РНК фиксируется как в состоянии до, так и после расщепления, что позволяет предположить, что конформации субстрата близко имитируют конформацию промежуточного состояния переходного состояния. Насколько нам известно, эта структура и структура РНК петли сарцин / рицин связаны с рестриктином ( 16 ) [с РНК сарцин / рицин, случайно захваченной в небольшом сайте расщепления, а не в его каноническом сайте ( 17 )] - единственные кристаллические структуры, которые уловили конформацию «in-line attack» предварительно расщепленного субстрата РНК в катализируемой белком реакции внутримолекулярного переноса фосфоэфира (B). В настоящей работе мы использовали моделирование свободной энергии на основе нашей кристаллической структуры, чтобы количественно разделить вклад конформационного эффекта «линейной атаки» в общий катализ.

ВЫЧИСЛИТЕЛЬНЫЕ ДЕТАЛИ

Как обсуждалось в разделе «Результаты и обсуждения», было проведено два сравнительных моделирования свободной энергии. Один находится на комплексе между сплайсинговой эндонуклеазой и РНК; другой находится на свободной РНК с той же последовательностью.

Для моделирования связанных состояний в качестве исходной входной структуры использовалась кристаллическая структура с кодом PDB 2GJW ( 15 ). Во время этой установки состояния протонирования заряженных остатков были определены на основе их локальных условий. Тогда стохастическое граничное условие ( 18 ) была создана с этой сложной структурой, перекрытой 25 Å водной сферой с центром в одном из нисходящих фосфатов. Во время моделирования молекулярной динамики атомы в сфере радиуса 22 Å вокруг того же центра рассматривались как динамическая область; атомы в этой области распространялись с регулярной ньютоновской динамикой с использованием интегратора скачкообразной перестройки, и был использован шаг времени 1 фс. Атомы в слое между радиусами 22 и 25 Å рассматривались как буферная область; тяжелые атомы этого биополимерного комплекса в этой области были гармонично ограничены силовыми константами, масштабированными линейно с их расстояниями от центра сферы, а силовые константы вокруг границы этой 25 Å сферы были установлены точно так же, как подразумевает кристалл B. фактор. В буферной области была применена динамика Ланжевена с коэффициентами трения, установленными также линейно масштабированными с их расстояниями от центра сферы, а коэффициенты трения вокруг границы 25 Å сферы были установлены как 60. Атомы за пределами 25 Å сферы были зафиксированы в ходе моделирования. и их заряды были масштабированы на основе электростатических уравнений. ШАРМ 27 силовых полей ( 19 ) были использованы в качестве потенциала в этих моделированиях, а молекулы воды были описаны с использованием модели TIP3P. Для несвязанных взаимодействий была применена расширенная электростатическая обработка с электростатическими взаимодействиями в пределах 12 Å, описанными групповым кулоновским взаимодействием, и эти взаимодействия за пределами 12 Å, описанными мультипольным расширением ( 20 ). Моделирование было выполнено с температурой, установленной как 298,15 К. Для моделирования несвязанного состояния мотив РНК BHB также из структуры 2GJW использовался в качестве входного значения для моделирования. Затем была установлена ​​периодическая граница с этой структурой, перекрытой водяным ящиком размером 61 × 37 × 37 Å3, и во время динамического распространения использовалось условие постоянного давления с давлением, установленным в 1 атм. В зависимости от расстояния от РНК, эффективная ионная сила колеблется от 1,6 М (область контакта РНК) до 0,1 М (объем), что согласуется с исследованием Дрейпера ( 21 ). Моделирование было обработано алгоритмом PME ( 20 ). Все остальные детали моделирования такие же, как в симуляциях связанного состояния.

Во время моделирования зонтичной выборки ( 22 ), сдерживающие потенциалы были добавлены с опорным двугранным углом Φ, увеличенным на 1 ° каждые 1 нс молекулярно-динамического моделирования, начиная с конформации «линейной атаки», захваченной в сокристаллической структуре как для несвязанного, так и для связанного состояний. Были применены квадратичные формы сдерживающих потенциалов и константа сдерживающей силы была установлена ​​равной 30 ккал / моль / рад2. По завершении сканирования двугранного пространства, метод анализа взвешенной гистограммы (WHAM) ( 23 ) был использован для генерации потенциалов средних сил вдоль координаты реакции Φ. Все расчеты были выполнены с использованием программы CHARMM ( 24 ).

РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЯ

Чтобы проанализировать различные эффекты ферментативного катализа определенной реакции, профиль свободной энергии соответствующей реакции в водном растворе обычно устанавливают в качестве эталона (кривая, окрашенная синим цветом в A). Как обсуждалось во введении, при связывании с ферментом субстрат может принимать более плотную конформацию, которая ближе к переходному состоянию. Если мы выровняем профили свободной энергии ферментативной реакции и реакции раствора, установив, что свободные энергии при этой конформации плотного связывания будут одинаковыми, как показано на рисунке A, разница в свободной энергии между минимальными конформациями реагентов в ферментативной реакции а в растворе реакция может быть количественной мерой конформационного эффекта, способствующего катализу. Этот конформационный эффект играет роль в приведении конформации далеко от переходного состояния, которое является предпочтительной структурой в водном растворе, к более близкому. В частности, в катализе расщепления РНК с помощью сплайсинговой эндонуклеазы этот конформационный эффект представляет собой предоплаченный штраф свободной энергии, необходимый для достижения конформации «in-line attack» из-за связывания с ферментом. Снижение этого энергетического барьера исключительно за счет связывания фермента является конформационным энтропийным эффектом и отражает сдвиг популяции из несвязанного состояния (свободного в водном растворе) в связанное состояние (в ферментативной среде). Основываясь на одинаковом выравнивании профиля свободной энергии в A, разность свободной энергии между переходными состояниями в реакции раствора и ферментативной реакции способствует остальному уменьшению барьера, что в основном является электростатическим эффектом ( 7 ).

Моделирование свободной энергии проводилось на РНК с мотивом BHB как в несвязанном, так и в связанном состояниях. В частности, зонтичное моделирование отбора проб ( 22 ) были выполнены с двугранным углом (C3′ – O3′ – P – O5 ′) второго выступающего нуклеотида, заданным в качестве координаты реакции Φ (B). Изменения в Φ показали сильную корреляцию с изменениями линейной геометрии, определяемой углом θ (O2′ – P – O5 ′) (B), как это было показано в наших результатах моделирования (). Другие двугранные углы, включающие (C2′ – C3′ – O3′ – P) и (O2′ – C2′ – C3′ – O3 ′), не показали какой-либо корреляции с линейным геометрическим углом и не были приняты в качестве реакции координаты. Таким образом, профили свободной энергии генерировались как функция от Ф как для связанной, так и для несвязанной РНК ().

Корреляция двугранного угла Φ (C3′ – O3′ – P – O5 ′) с линейным углом θ (O2′ – P – O5 ′) субстратного нуклеотида в растворе BHB мотив РНК. Образцы в этом графике взяты из всех моделей молекулярной динамики в настоящей работе.

Различие профилей свободной энергии нуклеотида субстрата РНК-мотива BHB в сайте связывания фермента и в водном растворе вдоль координаты реакции «двугранный угол Φ». ( A ) Расчетный потенциал средних сил (PMF) субстратного нуклеотида РНК-мотива BHB в ферменте; ( B ) вычисленный потенциал средних сил (PMF) субстратного нуклеотида РНК с мотивом BHB в растворе.

Как показано (красная кривая), глобальный минимум РНК BHB в ферментативной среде расположен вокруг Φ = −20 °, что соответствует области оптимальной линейной геометрии (θ = ∼155 ° −160 °) () и двугранный угол, наблюдаемый в сококристаллической структуре для 5'-сайта расщепления (Φ = −15 °) (A, ниже). Напротив, глобальный минимум РНК BHB в водном растворе смещен до Φ = 45 °, что соответствует области, далекой от конформации «линейной атаки» (θ = 10110 ° -120 °) (синий ). В соответствии со схемой оценки каталитического эффекта конформации «линейная атака» () эти профили свободной энергии дали значение 1,2 ккал / моль [GEnzyme (Φ = -20 °) - GSolution (Φ = 45 °) ] соответствует 8-кратному ускорению скорости реакции. Как показано на рисунке, неопределенности свободной энергии в конформационных областях, определяющих это значение, очень малы (~ 0,04 ккал / моль) по сравнению с определенным каталитическим эффектом 1,2 ккал / моль. Следует отметить, что при моделировании связанных состояний профиль свободной энергии в диапазоне от -175 ° до 110 ° нельзя определить, поскольку они имеют очень высокие значения свободной энергии, вызванные структурными столкновениями между субстратом РНК и белковыми средами. Поскольку этот регион является высокоэнергетическим, он не способствует катализу.

Ясно, что конформация «линейной атаки» соответствует диапазону двугранного угла Φ (−25–10 °) (или θ> 155 °) (заштрихованные зеленые области в и). Более точная оценка каталитического эффекта конформации «линейная атака» требует учета всех геометрий «линейной атаки». Исходя из рассчитанных профилей свободной энергии (), кривые нормированной заселенности (нормированные в диапазоне 360 °; для связанной структуры область от −175 ° до 110 ° дает почти нулевой вес из-за ее высоких значений свободной энергии) могут быть полученным (). Затем мы можем получить соотношение нормализованных популяций в конформационных областях «in-line attack» для несвязанного и связанного состояний; здесь нормализованные популяции эквивалентны относительным населенностям между областями конформации «атака in-line» и общими конформационными пространствами. Это соотношение должно дать нам количественную меру конформационного эффекта «линейной атаки», который привел к ускорению скорости реакции в 11,4 раза. Ускорение скорости оставалось на тех же значениях, когда средний угол наклона был смещен до 145 ° (в 12,2 раза) или 160 ° (в 10,8 раза), что позволяет предположить, что эта мера устойчиво нечувствительна к точному определению линейной геометрии ,

Профили свободной энергии, преобразованные конформационным распределением субстратного нуклеотида РНК-мотива BHB в растворе (синий) и сайта связывания фермента (красный), принимая «двугранный угол Φ» в качестве координаты реакции.

Интересно, что наше расчетное значение ускорения скорости реакции для сплайсинговой эндонуклеазы, основанное на имитациях свободной энергии, количественно согласуется с тем, которое ранее было получено при самопроизвольной переэтерификации РНК исключительно благодаря конформационному эффекту «in-line attack». Соукуп и Брейкер ( 25 ) определили, что ускорение скорости расщепления почти идеального действующего нуклеотида в 12 раз путем сравнения скоростей спонтанного расщепления in vitro выделенного АТФ-аптамера в присутствии и в отсутствие АТФ. Согласие между нашим расчетным ускорением в реакции, катализируемой ферментами, и спонтанной РНК-трансэстификацией неродственной РНК подчеркивает в целом умеренный вклад конформационного эффекта «in-line attack» на расщепление РНК. На основании работы по АТФ аптамеру ( 25 ), группа Разрушитель ( 26 ) предположил, что конформационный эффект «линейной атаки» (называемый α-катализ) в ферментах вряд ли превысит 100-кратный. Наш результат по сплайсингу эндонуклеазы полностью подтверждает это предположение.

Увеличение в 12 раз по сравнению с конформационным эффектом «in-line attack» незначительно по сравнению с общим увеличением скорости реакции в 1012 раз. Как показано на рисунке, очевидный скромный вклад конформационного эффекта «атака на линии» можно понять по относительно мелкому энергетическому профилю и широкому распределению конформации вокруг «встроенной» геометрии несвязанного состояния. Следовательно, даже если «встроенная» конформация субстрата имеет узкое распределение в связанном состоянии, достижение этой конформации посредством связывания фермента может привести лишь к относительно незначительному снижению барьера свободной энергии. Количественно верхний предел конформационного эффекта в катализе можно оценить, используя 1 / ρtight, где ρtight - вероятность распределения конформации сильной связи в растворе. Например, хоризмат мутаза имеет относительно низкую популяцию плотной конформации в растворе, и, соответственно, конформационный эффект у хоримат мутазы может обеспечить увеличение скорости почти в 2 × 103 раз ( 12 ). Следовательно, только когда распределение плотной конформации субстрата имеет очень малую популяцию плотной конформации в несвязанной среде, фермент может существенно снизить барьер свободной энергии посредством стратегии конформационного контроля. Можно сделать вывод, что конформационное распределение субстрата до, а не после связывания фермента определяет верхнюю границу повышения скорости посредством конформационной стратегии, чем считалось ранее. В частности, наш результат моделирования, кажется, противоречит общему убеждению, что «встроенный» конформационный эффект в РНК важен для катализа расщепления РНК.

Население с плотной конформацией для субстрата обычно является высоким в ферментативной среде, потому что внутренняя движущая сила для стабилизации переходного состояния может эффективно смещать конформацию реагента к структуре переходного состояния. Таким образом, для фермента с несколькими субстратами конформационные эффекты для катализа реакций с участием этих субстратов, как правило, контролируются их конформационным распределением в растворе, хотя их связанные конформации обычно являются сходными.

Результаты этого исследования показывают, что другие каталитические эффекты, такие как электростатическая стабилизация переходного состояния, играют более важную роль в расщеплении РНК. В настоящее время предпринимаются усилия в области вычислений, чтобы улучшить наше понимание детального пути расщепления РНК.

БЛАГОДАРНОСТЬ

Мы хотели бы поблагодарить Совет по исследованиям и творчеству Университета штата Флорида и Исследовательский фонд Университета штата Флорида (WY) и грант Национального научного фонда 00517300 (HL) за финансовую поддержку и К. Кэлвина за критическое чтение рукописи. Все расчеты были проведены в кластере Anfinsen Школы вычислительной науки в Университете штата Флорида. Полный отказ от платы за публикацию открытого доступа к этой статье.

Заявление о конфликте интересов . Никто не объявлен.

РЕКОМЕНДАЦИИ

1. Ойванен М., Куусела С., Лоннберг Х. Кинетика и механизмы расщепления и изомеризации фосфодиэфирных связей РНК кислотами и основаниями бронстеда. Химреагент Rev. 1998; 98: 961–990. [ PubMed ] [ Google ученый ] 2. Рейнс RT. Рибонуклеаза А. Хим. Rev. 1983; 3: 1045-1065. [ Google ученый ] 3. Куимелис Р.Г., Маклафлин Л.В. Механизмы рибозим-опосредованного расщепления РНК. Химреагент Rev. 1998; 98: 1027–1044. [ PubMed ] [ Google ученый ] 4. Блаунт К.Ф., Уленбек О.С. Структурно-функциональная дилемма рибозима головки молотка. Annu. Преподобный Биофиз. Биомол. Struct. 2005; 34: 415–440. [ PubMed ] [ Google ученый ] 5. Лилли DMJ. Структура, складывание и механизмы рибозимов. Тек. ОПИН. Struc. Biol. 2005; 15: 313–323. [ PubMed ] [ Google ученый ] 7. Варшель А., Шарма П.К., Като М., Сян Й., Лю Х., Олссон М.Х.М. Электростатическая основа для ферментативного катализа. Химреагент Ред. 2006; 8: 3210-3235. [ PubMed ] [ Google ученый ] 8. Брюс Т.С. Вычислительные подходы: траектории реакций, структуры и атомные движения. Ферментативные реакции и мастерство. Химреагент Ред. 2006; 8: 3119-3139. [ PubMed ] [ Google ученый ] 9. Гао Ж.Л., Бьюн К.Л., Клюгер П. Катализ с помощью конформационного изменения фермента. Верхний. Тек. Химреагент 2004; 238: 113–136. [ Google ученый ] 10. Маккерелл А.О., Башфорд Д., Беллот М., Данбрак Р.Л., Эвансек Д.Д., Филд МДж, Фишер С., Гао Дж., Го Н, Ха С., Джозеф-Маккарти Д., Кучнир Л., Кучера К, Лау ФТК, Маттос С, Мичник С., Нго Т, Нгуен Д.Т., Продхом Б., Рейхер В.Е., Ру Б., Шленкрич М., Смит Дж.С., Сто Р, Штрауб Дж, Ватанабе М, Виоркевич-Кучера Дж, Инь Д, Карплус М. Эмпирическая энергия всего атома функция для моделирования нуклеиновых кислот. Варенье. Химреагент Soc. 1995; 117: 11946–11975. [ Google ученый ] 11. Guo H., Cui Q., ​​Lipscomb WN, Karplus M. Понимание роли остатков активного сайта в катализе хоризмат-мутазы из моделирования молекулярной динамики. Proc. Natl Acad. Sci. СОЕДИНЕННЫЕ ШТАТЫ АМЕРИКИ. 2001; 98: 9032–9037. [ PMC бесплатная статья ] [ PubMed ] [ Google ученый ] 12. Ранаган К.Е., Малхолланд А.Дж. Конформационные эффекты в ферментативном катализе: расчет свободной энергии QM / MM для вклада «NAC» в мутазу хоризмата. Химреагент Comm. 2004; 10: 1238–1239. [ PubMed ] [ Google ученый ] 13. Лайтстоун ФК, Брюс ТК. Конформации основного состояния и энтропийный и энтальпийный факторы эффективности внутримолекулярных и ферментативных реакций: 1 образование циклического ангидрида замещенными глутаратами, сукцинатом и 3,6-эндоксо-δ (4) -тетрагидрофталатными монофениловыми эфирами. Варенье. Химреагент Soc. 1996; 118: 2595-2605. [ Google ученый ] 14. Vantol H., Buzayan JM, Feldstein PA, Eckstein F, Bruening G. Две реакции автолитической обработки спутниковой РНК протекают с инверсией конфигурации. Nucleic Acids Res. 1990; 18: 1971–1975. [ PMC бесплатная статья ] [ PubMed ] [ Google ученый ] 15. Song X, Calvin K, Li H. Распознавание РНК и расщепление сплайсинговой эндонуклеазой. Наука. 2006; 312: 906–910. [ PubMed ] [ Google ученый ] 16. Абельсон Дж., Тротта К.Р., Ли Х. Сплайсинг Т-РНК. J. Biol. Химреагент 1998; 273: 12685–12688. [ PubMed ] [ Google ученый ] 17. Ян XJ, Gerczei T, Гловер LT, Correll CC. Кристаллическая структура рестриктин-ингибиторных комплексов с последствиями для распознавания РНК и переворачивания оснований. Туземный Struct. Biol. 2001; 8: 968-973. [ PubMed ] [ Google ученый ] 18. Брукс С.Л., III, Карплус М. Деформируемые стохастические границы в молекулярной динамике. J. Chem. Phys. 1983; 79: 6312–6325. [ Google ученый ] 19. Маккерелл А.Д., мл., Башфорд Д., Белло М., Данбрак Р.Л., мл., Эвансек Д.Д., Филд М.Дж., Фишер С., Гао Дж., Го Н, Ха С., Джозеф-Маккарти Д. Эмпирическая энергетическая функция для всех атомов для моделирование нуклеиновых кислот. Варенье. Химреагент Soc. 1995; 117: 11946–11975. [ Google ученый ] 20. Дарден Т., Йорк Д., Педерсен Л. Эффект дальнодействующих электростатических взаимодействий при моделировании макромолекулярных кристаллов - сравнение методов Эвальда и усеченного списка. J. Chem. Phys. 1993; 98: 10089–10092. [ Google ученый ] 22. Торри Г.М., Вальо, Дж.П. Нефизические распределения выборки в оценке свободной энергии Монте-Карло - зонтичная выборка. J. Comp. Phys. 1977; 23: 187–199. [ Google ученый ] 23. Кумар С., Бузида Д., Свендсен Р.Х., Коллман П.А., Розенберг Дж.М. Метод взвешенной гистограммы для расчетов свободной энергии на биомолекулах. 1. Способ. J. Comp. Химреагент 1992; 13: 1011–1021. [ Google ученый ] 24. Брукс Б.Р., Бруколери Р.Э., Олафсон Б.Д., Сэйтс Д., Сваминатан С., Карплус М. ШАРММ: Программа для расчета макромолекулярной энергии, минимизации и динамики. J. Comp. Химреагент 1983; 4: 187-217. [ Google ученый ] Статьи из исследования нуклеиновых кислот предоставлены здесь благодаря изданию Oxford University Press

Похожие

Комментарии